Krarup er nævnt første gang i 1300 som adelsby med navnet Krakatorp. Forleddet kraka betyder krage. Efterleddet ’-torp’ betyder udflytterbebyggelse. Søfælde var i starten af 1300-tallet et stort adelsgods. Krarup domineredes i senmiddelalderen af krongods (kongens jordegods), hvoraf 12 afhændedes til Egeskov i 1562. Hundrede år senere var Egeskov fortsat dominerende godsbesidder med 13 gårde i byen. I midten af 1800-tallet var dette antal reduceret til 8, Brahetrolleborg og Fjellebro ejede da 3 gårde.
Af det 489 ha store ejerlav var i 1688 kun 32% opdyrket da størstedelen af området var præget af eng og skov. Krarup blokudskiftedes i 1799 og siden er 4 gårde udflyttet.
Fra www.fynhistorie.dk kan læses følgende:
De trykte kilder om Krarup er meget sparsomme, men ifølge Erslevs ’Danske Len’ var der i begyndelsen af 1500-tallet et mindre len omfattende Krarup og Rynkeby beliggende i Sunds herred. Else Thott til Løjtved ved Stenstrup havde Sunds herred i pant til 1550, hvorefter Frands Brockenhuus til Egeskov havde lenet til 1562. Her omtales også Snarup og Søfælde.
Der er i 1466 et domsdokument omhandlende en række klagepunkter fra kronbønderne i Krarup sogn om ydkøer, oldengæld (betaling for at lade svin spise olden i skoven), gæsteri (pligt til at give rejsende bolig og kost), hoveri (pligtarbejde som bønderne ydede til hovedgården) og opdræt af fodernød (ungkvæg). I dokumentet omtales Johan Hvitkop fra Sandholt gods som modpart.
1438 er der nævnt en vandmølle i Lydinge, en af mange som blev opført under kong Valdemar Atterdags tid.
1559 befaler Kong Christian III efter biskop Jacob Madsens råd, at Krarup kirke skal ’være anneks til Holme Klosters kirke’, nuværende Brahetrolleborg.
Bondeuro på Fyn 1768-70, her var bønderne i Krarup Sogn sammen med bønderne i 20 andre sydfynske sogne medunderskrivere på en henvendelse til øvrigheden om lempelser.
Omkring 1700 opretter baron Trolle på Brahetrolleborg skoler i området, også i Krarup. Efterfølgeren greve Reventlow fortsætter dette arbejde, og opretter også lærerseminarium på Bernstorffsminde. Der har lige siden været skole i Krarup.
1887 etableredes andelsmejeri i Krarup med 120 andelshavere, et af i alt 158 mejerier på Fyn. Mejeriet blev efter 107 år nedlagt i 1995, men Krarup-osten overlevede som brand og kvalitetsprodukt og bliver stadig solgt i den lokale dagligvarebutik .
En anden af andelsbevægelsens stærke aktiviteter var oprettelse af Brugsforeninger, hvor Krarup fik sin i 1897. Denne lukkede i 1989.
Fra 1921 og mange år frem var Krarup Maskinfabrik områdets største arbejdsplads og en af Midtfyns mest kendte virksomheder dengang. I de første produkter indgik meget træ, hvorfor der blev etableret et savværk i det nærliggende Søfælde. Fabrikkens største succes var Rational roeoptager. Fabrikken blev lige til lukningen i 1984 drevet af familien Rasmussen.
Mange lagde i 20’erne også vejen forbi Krarup for at besøge Kloge Søren og Kloge Petra, som kunne helbrede diverse sygdomme. Her drev de en omfattende praksis, og tog også på sygebesøg i Sørens Ford. Søren Christensen, også kendt som ’Frørupmanden’, flyttede til Krarup i 1920, hvor han tog Petra Mosegaard i lære. Han døde i 1925, men Kloge Petra fortsatte virksomheden helt til 1976. De var nogle af de sidste kloge folk i Danmark og Sørens bøger mv. er i dag bevarede og tilhører museet i Møntergaarden i Odense.